Первый опыт руководящей работы Ю.В.Гусев приобрел еще в конце 70-х – начале 80-х годов, работая в качестве старшего, а затем – ведущего инженера и возглавляя научно-исследовательские группы. В 1986-
На должность ректора НГАЭиУ Ю.В.Гусев был избран в 1998 году и переизбран на второй срок в 2003 году. С именем действующего ректора связаны такие события, как присвоение НГАЭиУ статуса университета в 2004 году, подтверждение этого статуса по результатам комплексной проверки деятельности вуза в 2007 году, строительство нового 4-го корпуса, а также положительная динамика развития вуза практически по всем направлениям деятельности университета.
Работа Ю.В. Гусева на посту ректора отмечена Министерством образования: в 2002 году он награжден нагрудным знаком «Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации», в 2003 – Почетной грамотой Министерства образования Российской Федерации, в 2004 году ему присвоено почетное звание «Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации».